Pengurus Pusat PAFI memiliki peran strategis dalam mengatur dan menjalankan program kerja organisasi. Pengurus ini terdiri dari para ahli fisika yang memiliki dedikasi tinggi untuk memajukan fisika di Indonesia. Mereka bertugas untuk memastikan bahwa setiap program yang dijalankan oleh PAFI sesuai dengan visi dan misi organisasi, serta berlandaskan pada nilai-nilai Pancasila. Selain itu, pengurus pusat juga bertanggung jawab untuk menjalin kerjasama dengan berbagai pihak, baik itu instansi pemer